朱由检道：“好。今日起，户部财政由你总理。但朕言在先，不能如旧时官员，只识缩支不敢增税。当开明税之道，用商财养国政。”
温体仁得旨，次日便上章奏《理财六策》：其一，重审田亩，厘清税负；其二，整顿盐政，杜绝私运。
其三，改商征税法，设市征司；其四，查冗官，罢闲职；其五，清冗费，撤虚设；其六，招民贷、推义仓，以备岁荒。
朝堂之上，众臣或支持，或观望，唯东林诸人多有微词。
刘宗周言：“商税伤民气，增赋耗人心。”
左光斗曰：“设市征司，乃养虎为患。”
黄道周却独持中语：“若不纳商利，国库何支？但征需有度，不可尽榨。”
朱由检不作多辩，只手批一句：“救国之策，岂能以文理束手？朕要国富民足，不拘于法。”
是年九月，温体仁于户部设“财赋整治厅”，调各地能吏十人入京，专理各项收入、支出、税赋之比。首办者，乃商税改制。
旧时商税，多靠各地驿站、关卡、盐场分段抽税，不通不统，私漏无数，官商勾结、虚报藏税之事屡禁不绝。
温体仁下令，自即日起，各省城镇设“市征司”，由户部直辖，统管商税抽取、登记、核查、入库。
并颁布“市税六规”：商人凭照入市，逐货立单，不得虚抬，抽税以实售为准，分档定率，轻重有别。
严禁关吏与商通谋，若有揭发，赏银百两。各地设“公榜亭”，明列征税标准，不得私加。
每月由市征司回报数目，户部专官交查。税银三分留地，七分入京，以备军用、工用、灾用。
商贾初闻皆惊，但数月之后，却有不少人言好。
因旧时层层盘剥，买一运十，商道阻塞；如今虽征税，然通路明白，官吏不敢中饱，反而轻省。
江南一带茶商言：“昔日一担茶，自福州运至扬州，耗税银六两，如今不过二两，且无中人刁难。”
福建商人徐继昌更上表称赞：“今之市征，实为明政。”
朱由检得奏，命中书舍人将其言刻榜于市征司堂前，题曰：“纳商利，通国脉。”
除市征外，温体仁亦着手清查官府冗支。吏部配合，列出各部各司之“空职”、“闲职”三百二十六名。
诸如不设不运之驿站、无事无职之校尉、已无学子之书院僧录、失实已久之水监、关使、典检等，一律裁撤。省下俸禄之银数万两。
其间魏忠贤亦献策：“内廷诸监，亦有闲冗之员，可令东厂代查。”
朱由检允之，命东厂分四组，查各宫监、尚膳局、御马监等。
两旬之后，查出虚报口粮者百三十二人，冒名请俸者四十七人，均革除，追回银料，削籍入役。
工部亦随命而动，将“无实工之营造局”撤其七，器皿重复制坊并三为一，止茶具银器浮费。仅内务府器局一项，年省银五万。
民间亦渐感其变。江南织造奏称：“今年织局所取绸帛少三成，御用减而商利增。”