三十日后，山寨内粮尽水枯，李自成突围不成，亲率亲兵硬攻东南口，正中伏兵，被一箭射落马下，生擒。
当晚，全军擂鼓庆捷，洪承畴押解李自成回营，亲呈军前。
李自成被五花大绑，披头散发，押至川北临时校场。他虽身受重伤，仍咆哮高喊：“我为天命而起，饿死寒门，富贵皆贪官。苍天不公，百姓苦命，岂是我一人之罪！”
朱由检远在京师，听闻此言，只批了一句话：“天下安定，不容贼言惑众。”
两日后，李自成斩首于成都西门，首级送京，号令天下。
锦衣卫将其旧部一一清剿，残兵四散，或降或灭。张献忠余部亦向官军投降。
自此，困扰大明二十余年的流寇之乱，彻底终结。
洪承畴回京面圣，朱由检亲至文华殿外接见，破例赐坐，并当场宣旨：“平定流寇，功在社稷。封洪承畴为兵部尚书，掌天下兵权。”
朝堂一片哗然。
钱谦益私下摇头道：“昔日王阳明也未得此殊礼，今之洪公，居然上位兵部？”
左光斗冷语：“终究是靠刀子说话的，礼法却弃如敝履。”
刘宗周更是上疏言：“陛下重用权臣、贬抑儒纲，恐寒天下士人之心。”
朱由检批复简短有力：“士人不能守土，朕便不用；能保百姓者，不论出身。”
此后，兵部以洪承畴为首，开始全面整编流寇余部，将愿降者编入“新编义军”，安置于西南屯田之地，防边守寨，既充实边防，又安置流民。
嘉平七年春，兵部报：西南屯田成效初显，四川北部粮仓恢复。湖广、陕南、蜀中三地岁入恢复七成，粮税同比增长四成。
户部李清照随即汇报：“今岁全国岁入达一千八百万两，比嘉平二年翻近一倍。流寇乱平，商贸回流，赋税重归轨道。”
朱由检点头：“如此可动西北。”
温体仁却劝道：“陛下，流寇虽平，军士疲惫，西北动兵尚早。”
朱由检不置可否，只一句：“诸位爱卿，该想的是，如何不再让大明百姓变流寇。”
为肃清残余乱党，刑部受命彻查“李自成旧案”。
凡曾受其招募、借流寇敛财之地主、士绅，一一审问。
有一川中富商，昔日暗中资助李自成数万银两，被锦衣卫捕入京，朱由检亲审，怒问：“你为何资贼？”
富商叩头求饶：“小人只求保身。若朝廷当初守得住城门，小人何至如此？”
朱由检未怒，反令温体仁转述此话于朝堂。“守不住城门，是谁的错？”
群臣默然。
看着群臣无言，淡淡地说了一句：“守不住城门，是朝廷之责。今后，门要牢牢地守，海也要牢牢地看。”
说罢，转身入殿，留下文武百官各怀心思，不敢多语。
正当朝廷初定，东厂密报送来一封特殊文书——
“郑芝龙率团启航，已抵达南洋爪哇，与一自称‘大顺天朝建文遗裔’的华人王国接洽，形势复杂，需陛下定夺。”
朱由检一听，眉头微挑：“建文帝的余脉？”